به طور کلی کثرت معماریهای صخره‌ای در منطقه که یادمان های ماندگار و پایداری از زمان کهنند اولین وسیله شناخت پیشینه تاریخی نیر است و دوم متون تاریخی اعم از سالنامه‌های آشور و اوراتور و متون هخامنشی است که نشانگر تحولات تاریخی در آن روزگار پرتلاطم هزار ساله‌ است.
 

اطلاق لفظ زیکرتو در عصر مادها و اوایل هزاره اول و لفظ ساکارتی در عصر هخامنشی به معنی (سرزمین ساکنان در غارهای سنگی)، وجود معابد میترائیسم و نیز اشارات متون اوستا بر وجود بناهایی مثل دژ زیر زمینی و نیز متون شاهنامه که سرشار از چنین اشاراتی است مؤید قدمت این منطقه‌ است.
 
 
متون دوران اسلامی نیز موضوع فوق را تایید می‌کند. چرا که در صحبت از اردبیل در کتاب معتبری چون احسن التقاسیم (قرن ۴ هجری) اشاره به این نکته شده‌ است که «بیشتر خانه‌ها را در زیر زمین ساخته‌اند».
 

بنا به نوشته بلاذری: ‍«نیر دیهی بود و کوشک کهنه و درهم شکسته‌ای داشت. مرّبن عمر موصلی طایی در آنجا فرود آمد و بنیاد نهاد و پسرانش را در آن سکنی داد که به ظن قوی، اینان کوشکهایی در آن قریه بنا کردند و به صورت شهری در آوردند که احتمالاً باید همان قریه نیر باشد. و بازار جابروان را بنیاد نهاده، برزگش ساختند.»
 

یکی از پسران مرّبن علی از سرکشان آذزبایجان بود و در سال ۲۱۲ هجری محمد بن حمید طوسی او را دستگیر ساخته به بغداد فرستاد ولی او بار دیگر به آذربایجان برگشته و به حکمرانی خود پرداخت ابن خردابه در کتاب مسالک و ممالک (تالیف سالهای ۲۳۰-۲۳۴) او را خداوند جابروان و نیریز می‌خواند. جابروان یکی از شهرهای آذربایجان بوده و یاقوت حموی می‌نویسد که در نزدیکی نریز (نیر فعلی) بوده ولی از بلاذری نقل شده که در نریز و در نزدیکی های اردبیل بوده‌ است.
 
طبق اظهار نظر مطلعین نام اصلی آن نرسی بوده‌ است و چنین مشهور است که نرسی پادشاه مشهور ساسانی آن را آباد کرده‌ است. این نام در نوشته‌های قدیمی این شهر دیده شده‌ است.
 
آثار آتشکده های مهمی چون نیر اعظم، ایرنجی و جوراب، نشانه های آئین میترائیسم در غار های صخره ای اباذر و آثار متعلق به هزاره سوم قبل از میلاد در قلعه بوینی یوغون و قبور باستانی متعلق به قرون ۸ و ۹ قبل از میلاد در قره شیران و معماری منحصر به فرد غار نظامی گلستان نشان از غنای فرهنگی و تاريخی شهرستان نیر است.
 
شهرستان نیر به عنوان بخشی از سرزمین آذربایجان و ایران قدمت تاریخی دارد و حوادث تاریخی مختلفی در آن رخ داده است و مردم شهرستان به موطن محلی و کشور در همه زمانها علاقه خاصی نشان داده اند.
 
 
از وقایع مهم تاریخی منطقه نیر ورود آقا محمدخان قاجار به نیر از راه سراب است که در این سفر شاه با بی اعتنایی مردم مواجه شده و با تلخکامی راهی اردبیل می شود. از دیگر شاهان قاجار مظفرالدین شاه و محمد علی شاه قاجار از شهر نیر دیدن کرده اند.
 
 
از حوادث دیگر لشکرکشی نصرالله خان یورتچی با پانصد سواره نظام شاهسون به دستور محمد علی شاه بسال  1278ه.ش در دوره مشروطیت علیه ستارخان، سردار ملی به سوی تبریز بود که عاقبت در این لشکرکشی سپاه نصرالله خان شکست خورد و خود وی بعد از مدتی زندانی و اقامت در روستای آقچای، در آنجا در گذشت در این ایام ستارخان قبل از ورود به اردبیل در نیر اقامت داشته است.
 
تاریخچه شهرستان نیر همانند تایخچه آذربایجان ناگفته های زیادی دارد. در شهرستان نیر جريان حوادث در طول قرن هاي متمادي آن قسمت از مآخذ و مدارك تاريخي را كه مي توانست در اين مقصود نقش ايفا كند از بين برده و يا لااقل گرانبهاترين آنها را در زير خاك مدفون و يا در مخفيگاه هاي صعب العبور كوهستان هاي اين سامان پنهان ساخته است.
 
روزي كه اين مدارك بدست آيد بدون ترديد گذشته منطقه درخشندگي خاصي پيدا خواهد كرد. ميراث نسل هاي گذشته؛ آيينه تمام نماي فرهنگ و تمدن اجداد ما در قرون مختلف تاريخي بوده و تجزيه و تحليل اين گونه آثار از ضروريات امر به شمار مي رود .
 
اين ميراث ها همانند پرچم و نمادي است كه نشان دهنده ي آثار فرهنگي و تمدن گذشته است. در زمان حمله اعراب كليه مدارك و منابع اين سرزمين از بين رفته و يا به دست اعراب به غارت برده شده چه بسا بخشي ازآن نيز با گذشت زمان و عوامل طبيعي مثل زلزله و سيل و يا به علت ناآگاهي عده اي و يا به دست بعضي از افراد سودجو تخريب و از بين رفته است.
 
تنها در بعضي از نقاط اين سرزمين آثاري به دست طبيعت در امان مانده كه راهنماي ما در آگاهي از گذشته خود است. متاسفانه در نوشته هاي تاريخي بعضي مورخان بدون تحقيق و تفحص وضعيت حيات نير را مديون راه ارتباطي اردبيل به تبريز عنوان مي کنند و اين راه را موجب ترقي و رونق آن مي دانند. اما بدون اينكه به بحث تاريخي و جغرافيايي مدرن در دوران هاي گذشته وارد شويم لازم است متذكر شويم كه اغلب شهرهاي كشور در كنار جاده ها واقع شده اند و يا شهرهاي اردبيل؛ سراب و نير در كنار همين جاده به ترقي و رونق رسيده اند.
لذا با توجه به آثار درخشاني كه در تاريخ اين شهرستان از گذشته باقي مانده؛ قطعا" اين منطقه داراي تمدني چند هزار ساله مي باشد و قبل از ايجاد اين جاده ارتباطي رونقي به مراتب بيش از اين داشته است.
 
تاريخ نير همگام با اردبيل در صفحه ي روزگار در حركت بوده است كه نبايد اين مهم در خاطره ها فراموش شود. لذا از افراد آگاه به تاریخ شهرستان استدعا می شود جهت روشن شدن بیشتر گذشته منطقه هر مطلبی در این مورد دارند بنام خود در سایت قرار دهند و در شناسایی منطقه سهمی داشته باشند.